2014年01月29日09:08
解讀DNA單分子的堿基序列
在DNA堿基序列分析方面,采用ISFET以外技術(shù)的開發(fā)競(jìng)爭(zhēng)也非常激烈,其中之一就是“單分子分析”技術(shù)。該技術(shù)使DNA單分子穿過直徑幾nm~幾十nm的“納米孔”,在構(gòu)成DNA的各堿基通過時(shí)通電,判斷堿基的種類和序列。只需極其微量的樣本即可,而且無需采用PCR法等擴(kuò)增技術(shù),因此,該技術(shù)具備無擴(kuò)增錯(cuò)誤、能快速出結(jié)果等優(yōu)點(diǎn)。
實(shí)際上,已經(jīng)有廠商開始推進(jìn)單分子分析技術(shù)的實(shí)用化,并于2012年發(fā)布了產(chǎn)品。這就是英國Oxford Nanopore Technologies(ONT)公司。該公司在U盤大小的機(jī)殼內(nèi),運(yùn)用化學(xué)和電子技術(shù),集成了微流路和納米孔陣列(圖10(a))。目前該公司正在征集試用者。
圖10:結(jié)合化學(xué)和電子技術(shù)直接解讀DNA單分子 圖為利用分子尺寸的微小納米孔,直接解讀DNA單分子堿基序列的開發(fā)示例。Oxford Nanopore Technologies公司已經(jīng)開發(fā)出U盤形狀的產(chǎn)品(a),價(jià)格為900美元。大阪大學(xué)川合研究室等正在開發(fā)以更高精度解讀DNA的技術(shù)(b)。EPFL選擇的納米孔材料為石墨烯(c)。(圖和照片由各公司和各大學(xué)提供) |
緊隨其后的是由大阪大學(xué)產(chǎn)業(yè)科學(xué)研究所教授、川合最尖端項(xiàng)目(FIRST)負(fù)責(zé)人川合知二的研究室、名古屋大學(xué)教授馬場(chǎng)嘉信的研究室、東麗、東芝及松下5家機(jī)構(gòu)和公司等組成的團(tuán)體,以及美國IBM公司、瑞士洛桑聯(lián)邦理工學(xué)院(EPFL)等(圖10(b,c))。ONT公司利用納米孔和蛋白質(zhì)孔,而大阪大學(xué)等和IBM公司打算利用有望實(shí)現(xiàn)更高的再現(xiàn)性和量產(chǎn)性的硅材料的孔,EPFL打算在碳材料石墨烯上開孔使用。
利用DNA構(gòu)成晶體管
除此之外,大阪大學(xué)等與ONT公司的技術(shù)還有其他不同。ONT的技術(shù)是讓電流常開,通過用堿基阻斷電流來辨別堿基。大阪大學(xué)的川合介紹了自己的方法的優(yōu)勢(shì):“ONT的技術(shù)需要nA級(jí)的較大電流,還容易發(fā)生讀取錯(cuò)誤。而我們采用把堿基視為絕緣體和半導(dǎo)體,通過其隧穿電流辨別堿基的常閉方式,讀取錯(cuò)誤也比較少,利用pA級(jí)的微弱電流即可!
川合等人已經(jīng)開發(fā)出了基本元件,確認(rèn)能識(shí)別每個(gè)人的DNA之間的差異,而且能讀取抗癌基因RNA的一種堿基序列。
檢測(cè)病毒的微弱電荷
除DNA分析以外,電氣檢測(cè)病毒和蛋白質(zhì)的技術(shù)開發(fā)也取得了進(jìn)展。比如,大阪大學(xué)教授、日本產(chǎn)業(yè)科學(xué)研究所副所長(zhǎng)松本和彥的研究室等開發(fā)的利用石墨烯晶體管的技術(shù)(圖11)注6),已經(jīng)利用載流子遷移率約為1000cm2/Vs的石墨烯晶體管,成功地甄選出流感病毒。(作者:野澤 哲生,日經(jīng)技術(shù)在線!供稿)
注6)除了松本研究室外,大阪大學(xué)微生物研究所、中部大學(xué)、香川大學(xué)等也參加了共同研究。
圖11:利用石墨烯FET直接測(cè)量病毒和蛋白質(zhì)的微小電荷 大阪大學(xué)松本研究室等開發(fā)的、可利用石墨烯的高載流子遷移率,直接測(cè)量病毒等的電荷的技術(shù)。(照片由大阪大學(xué)松本研究室和Merck公司提供) |